《终极笔记》讲述了云顶天宫之后的故事情节，电视剧中的吴邪几个人已经从三叔口中得知了西沙海底的隐情，并查清楚了战果帛书和老九门的恩怨，几个人还收到了张起灵从格尔木寄来的录像带一开始的几个人只是对三叔的经历感兴趣，但是看到了涉密的录像带以后，几个人发现自己已经被卷入到了一场惊天大阴谋，因此吴邪只身前往了格尔木疗养院，并在疗养院偶遇张起灵，随即几个人组成六人小队，并在西王母的宫中发现了神秘的陨玉，面对三叔的突然失踪，几个人不知所措，在张起灵失忆的这段时间里，他们发现张家古楼是事情的关键，然而裘德考势力的突然出现，使得吴邪几个人的线索被断，在走投无路之时，霍老太突然出现，与几个人联手，帮助他们前往张家古楼寻找事情的真相。